Вот что она означает:

Даже эта софтна (Revo Installer) чистит реестр после ручного удаления папки с игрой.
А так да, портабл версии могут оставлять хвосты ( но портал, намного намного меньше чем с установками)
Например настройки,- не только в папке но и в реестре чтоб легче ими управлять, зависимости и компоненты ( например дайрекс или с++ если предусмотрено что игра их доустановит сама, редкий случай и практически не встречаемый в портабл версиях если пользователь с прямыми руками), ассоциации ( ну тут долго и непонятно буду расписывать), DRM- защита ( да, да, некоторые элементы пытаются сделать там запись, хотя я думаю это не к Стим взлома относится а к более сильным), ну и другой модифицированный софт для запуска пираток.
Если вы играете на рабочем компе и системный администратор не должен это знать - вы должны изучить этот вопрос , а уж очень осторожным нужны программы мониторинга изменения реестра. Ну кароче, методы есть. Удачи.